حدد مرسوم أصدره رئيس الحكومة، عبد الإله بنكيران، أربعة أنواع من التعويضات التي يستفيد منها أعضاء المجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي. أولها، تعويض جزافي خام خاص بأعضاء المكتب، يحدد مقداره في 7124.86 درهما شهريا، مستحقة عن الاجتماعات التي يحضرونها.
ثانيا، التعويض الجزافي الخام الممنوح لفائدة رؤساء اللجان الدائمة واللجان المؤقتة، ومجموعات العمل الخاصة حدد مقداره في 3571.43 درهما، عن كل يوم عمل. ثالثا، التعويض الجزافي الخام الممنوح لمقرري اللجان الدائمة واللجان المؤقتة ومجموعات العمل الخاصة حدد مقداره في 2857.14 درهما عن كل يوم عمل. رابعا، التعويض الجزافي الممنوح لفائدة اللجان الدائمة واللجان المؤقتة ومجموعات العمل الخاصة يحدد مقداره في 2142.86 درهما عن كل يوم عمل.
وتحدد الاستفادة من التعويضات الثانية والثالثة والرابعة في حدود مرتين كل شهر كحد أقصى، مهما كانت اجتماعات اللجان الدائمة واللجان المؤقتة، ومجموعات العمل الخاصة، مع عدم إمكانية جمع أعضاء المكتب ورؤساء ومقرري وأعضاء اللجان الدائمة والمؤقتة ومجموعات العمل الخاصة بين التعويضات الثانية والثالثة والرابعة.
وبخصوص التعويض الجزافي الخام الخاص بإنجاز التقارير، التي يعدها عضو من أعضاء المجلس، فإنه يحدد مقداره من قبل المجلس في حدود 14285.71 درهما كحد أدنى، و57142.86 كحد أقصى، حسب نوع العمل المنجز. ويصرف التعويض بعد المصادقة على التقرير من لدن مكتب المجلس. ولا يصرف هذا التعويض لنفس العضو إلا مرة في السنة.
وبخصوص التعويضات عن السفر لأداء مهمة، فإن أعضاء المجلس يستفيدون من تعويض يومي قدره 2500 درهم بالنسبة للمهام بالخارج، و1000 درهم يوميا عن التنقل لأداء المهام داخل المغرب.
أكثر من هذا، فإن ميزانية المجلس تتحمل مصاريف إقامة الأعضاء الذين تبعد إقامتهم عن الرباط بـ50 كلم خلال حضورهم أشغال المجلس، بمن فيهم الأعضاء المقيمون خارج المغرب، كما يستفيدون من مصاريف التنقل أو من التعويضات الكيلومترية «حسب النصوص الجاري بها العمل». كما يستفيد الأعضاء من النقل الجوي في الدرجة الاقتصادية داخل المغرب وخارجه، باستثناء الحالات التي يقررها الرئيس للرحلات الطويلة.
